15 tahun selepas Perang Dunia Shinobi Keempat, Konohagakure berada dalam keadaan aman damai, sama juga dunia shinobi yang lain, dan teknologi dapat berkembang dengan pesat. Semasa Peperiksaan Pemilihan Chuunin, Momoshiki dan Otsutsuki Kinshiki menangkap Uzumaki Naruto untuk mendapatkan Kyuubi (Rubah 9 Ekor). Boruto bergabung dengan Uchiha Sasuke dan Kage ke-4 menyelamatkan Naruto dan mengalahkan Otsutsuki tetapi selepas itu, tanda mengerikan muncul di telapak tangan kanannya.
Kemudian, Boruto menyelamatkan anak Daimyo dari Hi no Kuni (Negara Api) daripada penyangak Mujina dan ketua kumpulan itu dipenjarakan kerana dia mempunyai pengetahuan tentang tanda di telapak tangan Boruto. Tanda itu disebut “karma” dan individu dengan tanda itu dicari oleh kumpulan yang dipanggil “Kara”.